（需要“迭起兴衰”或“风云变幻”资料片）
来探索自从人类出现之日起就在操纵文明的秘密结社吧。只有拥有无上权力的人会注意他们。每个结社提供全新的前所未见的能力，但请务必谨慎选择。一旦您选择加入一个结社，就没有后悔药了。
此游戏模式在世界中加入了4个强大而神秘的秘密结社，每个皆以现实中存在的组织为原型。清理蛮族营地、造访部落村庄、将使者派往城邦或寻找自然奇观，便能找到他们的蛛丝马迹。另外，如果其它领袖已经发现秘密结社，提高与其的外交能见度也能接触到秘密结社。
发现秘密结社会解锁一名不需要指定到城市的可提供强大加成的新总督。一旦加入一个结社，玩家在正常游戏中都会成为此结社的成员。
和同一结社的玩家结盟可以更快积累同盟点数，他们也会对您有更正面的看法。然而，位于不同结社的玩家一旦意识到您所处的结社就会讨厌您。
秘密结社一：弥涅耳瓦夜莺
首次向尚未有本方使者的城邦派遣使者时，玩家可获得发现这个结社的机会。
总督升级
1级（教化）：提供一个额外的经济政策槽位。向城邦派遣的每一条商路生效期间为该城邦提供+1使者。
2级（启蒙，中世纪解锁）：允许建造镀金宝库，这个建筑替代银行，使所在商业中心获得等同于其相邻加成的文化值，且若城市有港口区域，则商路容量额外+1。
3级（仪式，工业时代解锁）：提供一个额外的通配符槽位，且间谍容量+2。若该文明间谍在一个本方城市内，则该城市+1宜居度，每回合额外+4忠诚度。
4级（远景，原子能时代解锁）：进攻性间谍行动每次成功，玩家都可获得目标城市当回合金币、信仰值、文化值和科技值的一半。每回合获得等同国库3%的金币（1000金币封顶）。
秘密结社二：黄金黎明学会
发现一个自然奇观时，玩家可获得发现这个结社的机会。
总督升级
1级（教化）：在地图上显示地脉资源，该资源可为所有专业化区域提供标准相邻加成。
2级（启蒙，中世纪解锁）：允许建造炼金学会，这个建筑替代大学，额外提供+2生产力、+1大商业家点数、+1大工程师点数，且所在学院额外获得等同于其相邻加成的金币。
3级（仪式，工业时代解锁）：文明每获得1个伟人，每个地脉资源均提升1点等同于此伟人类型的产出。招募大将军、海军上将时，提升的产出为+1科技值。
4级（远景，原子能时代解锁）：拥有学院区域的城市解锁“秘术研究”城市项目，提供金币，完成时提供大商人、大科学家、大工程师点数。城市中的每个能量地脉资源获得额外科技值。
秘密结社三：虚空吟唱者
探访一个部落村庄时，玩家可获得发现这个结社的机会。
总督升级
1级（教化）：可通过进入部落村庄解锁。解锁旧神方尖碑，替代纪念碑，额外提供+4信仰值以及一个巨作槽位（可放置任何类型的巨作）。
2级（启蒙，中世纪解锁）：该文明的所有城市每回合额外获得等同于其每回合获得信仰值20%的科技值、文化值、信仰值。
3级（仪式，工业时代解锁）：解锁“邪教徒”单位，该单位需使用信仰值购买，可消耗次数降低外国城市忠诚度，并在次数使用完之后获得遗物。
4级（远景，原子能时代解锁）：解锁“黑暗召唤”城市项目，提供大量信仰值，且项目结束时提高邪教徒造成的忠诚度损失。
秘密结社四：血色契约
清除一个蛮族营地时，玩家可获得发现这个结社的机会。
总督升级
1级（教化）：可通过消灭蛮族营地解锁。首都出现1个吸血鬼单位。
2级（启蒙，中世纪解锁）：首都出现1个吸血鬼单位，且允许吸血鬼建造吸血鬼城堡（每个玩家最多只能建造2个）。
3级（仪式，工业时代解锁）：首都出现1个吸血鬼单位。每个玩家建造吸血鬼城堡的上限提升至3个。与吸血鬼单位相邻的单位-5战斗力，且吸血者掠夺消耗1点移动力。
4级（远景，原子能时代解锁）：首都出现1个吸血鬼单位。每个玩家建造吸血鬼城堡的上限提升至4个。允许玩家在吸血鬼城堡及其相邻单元格之间传送单位。
四个秘密结社中哪个最强？
1.血色契约秘密结社好。
2.启蒙：送吸血鬼。初期基础战斗力较低，但会随兵种更新而增加，个人最多玩到增加到86的信息时代。吸血鬼是不死的，无论如何吸血鬼都不会被杀死，一旦将死，血量降为1会复活，所以可以一直陪你玩。而且吸血鬼有个很BT的特性：周围每有一个敌方战斗单位死亡可永久加1战斗力。
